پس از سالها کودتای دیگری انجام شد. پس از کودتای 1332 شمسی و آغاز دیکتاتوری سخت گیرانه پهلوی، زندان قصر به زندان سیاسی تبدیل شد که حتی ساختمان هایی نیز به آن اضافه شد. بسیاری از شخصیت های بزرگوار و سرشناس مانند شهید نواب صفوی، آیت الله طالقانی، مهدی اخوان ثالث و نجف دریا بندری دوران محکومیت خود را در زندان قصر سپری کردند.

پس از گذشت سه دهه از انقلاب اسلامی، زندان قصر به عنوان زندان فعالیت خود را متوقف کرد و در سال 1391 باغ موزه قصر در آنجا تأسیس شد. موزه سیاسی یکی از جالب ترین مناطق است. در اینجا می توانید تاریخ انقلاب و مبارزان انقلاب اسلامی را بخوانید.

موزه مارکوف یکی دیگر از محوطه‌های موزه قصر است که دارای بخش‌های مختلف از جمله مرکز اسناد تاریخی، عکس‌ها و اشیاء، کافه گالری، سالن کنفرانس و گالری است.سالن همایش فرخی یزدی برای میزبانی رویدادهای مختلف از جمله برگزاری همایش‌ها، اجراهای موزیکال و نمایشی نیایشگاه یکی دیگر از بخش های جالب موزه است که در اوایل انقلاب اسلامی برخی از دادگاه ها در آن برگزار می شد.

از دیگر جاذبه های موزه می توان به برج دیده بان، سروستان و باغ ایرانی اشاره کرد.موزه قصر دارای سیستم صوتی است که بازدیدکنندگان می توانند صداهای ضبط شده ای را بشنوند که فضای زندان آن زمان را بازتولید می کند. امکانات موزه به درک بهتر زندان کمک می کند.