نمایشگاه های موزه به سه حوزه زیر تقسیم می شوند: 1. بخش تاریخ فرهنگی؛ 2. اداره اشیاء قرآنی; و 3. گروه هنرهای معاصر. در محوطه اول موزه، مجموعه ای از نسخ خطی و قرآن های چاپ سنگی، کتاب الشعراء، طومارها، کتب دعا و قطعات قرآنی به نمایش گذاشته شده است. آثاری از هنرمندان مشهوری چون میرعلی هروی، محمدابراهیم قمی، عبدالقادر حسینی و ام السلمه نیز در اینجا قابل مشاهده است. قسمت دوم شامل اجناس، گلدان، جعبه، مداد و سکه است که آیات قرآن یا دعا در آنها گنجانده شده است. بخش سوم نیز به آثار هنرمندان معاصر به ویژه نقاشان و خوشنویسان اختصاص دارد که تابلوها، خط و خط آنها در موزه نگهداری می شود. این موزه در حال حاضر دارای 650 اثر تایید شده قرآنی است.

علاوه بر اشیاء، از طراحی داخلی موزه و دکوراسیون آن نیز نمی توان گذشت. این بنا با الهام از سبک معماری ایرانی-اسلامی ساخته شده است که در هر یک از سه طبقه موزه بخشی از نقش شمسه (خورشید) به تصویر کشیده شده است.

از مهمترین امکانات پیرامونی موزه می توان به اتاق مطالعه، اتاق امانت مجلات اشاره کرد. عمده ترین امکانات پیرامونی موزه شامل اتاق مطالعه، اتاق امانت مجله، اتاق سمعی و بصری، انبار و برخی اتاق هایی است که بازدیدکنندگان می توانند در آن استراحت کنند و همچنین آمفی تئاتر برای مراسم های مختلف.

نخستین گام ها برای تأسیس موزه ملی قرآن کریم قبل از انقلاب اسلامی در سال 1354 شمسی برداشته شد و تا سال 1373 شمسی که بنا به طور کامل ساخته شد ادامه داشت. این موزه سرانجام در سال 1384 توسط معاون وقت رئیس جمهور افتتاح شد و ریاست آن احمد مسجد جامعی شد.